Sangallo decidió cavar en la posición más baja de la ciudad, próximo al borde del precipicio que rodea la ciudad y cerca de las ruinas de una antigua acrópolis etrusca. El objetivo era llegar al manantial de San Zeno situado a unos 55 metros debajo de la roca. La obra no era una empresa fácil, por un lado, estaba la profundidad que se tendría que excavar, pero luego habría resolver el problema de cómo subir el agua a la superficie. La ingeniosa solución propuesta por Sangallo a este último problema es lo que haría especial este pozo.

La autoría arquitectónica del pozo se le atribuye a da Sangallo, aunque más tarde se hizo cargo de la dirección de la obra Giovanni Battista da Cortona y sería el escultor y arquitecto florentino, Simone Mosca, el encargado de acabar la parte superior del pozo, es decir, la parte que está por encima del nivel del suelo, donde están las puertas de entrada y salida y donde se colocó una inscripción latina que recuerda: “quod natura munimento inviderat industria adiecit” (lo que la naturaleza privó, lo provea la diligencia).

El nombre por el que es conocido en la actualidad, Pozzo di San Patrizio, le llegaría siglos más tarde, cuando alguien, tal vez impresionado por su profundidad, dijo que le recordaba el abismo al que el santo irlandés, San Patricio, acostumbraba a retirarse para rezar en Lough Derg y desde el cual, según la leyenda medieval, podía contemplarse el mismísimo purgatorio, hecho que aprovechó para realizar numerosas conversiones.